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IBS的診斷往往是憑患者自己的訴說進行診斷，醫生檢查常查不出什么病來。患者就診時常訴說腹痛、腹脹、便秘、腹瀉、黏液便等癥狀。但腹痛的感覺因人而異，有些人覺得嚴重，但同樣的癥狀換作別人可能又沒當回事。如果醫生問腹痛或腹部不適的具體部位，很多人也常說不清楚，一會這里，一會那里，部位不定，但多數人認為是下腹和左下腹為多。且這種不適多于排便、排氣后緩解。腹瀉常為少量稀散不成形便，可有排便較急迫或排便不盡感。糞便多帶有白色黏液，象鼻涕樣，一般并無膿血。部分患者一會腹瀉，一會便秘，糞便有時干結，可呈羊糞狀，有時稀便。多數人伴有明顯的失眠、焦慮、抑郁等神經精神癥狀。醫生在檢查時摸肚子，常發現不了什么問題，有時左下腹可觸及痙攣的腸管，有壓痛。抽血化驗也基本正常。

既然這種病檢查時一般查不出什么器質性的病變，為什么看病時醫生還要建議患者做這樣或那樣的檢查呢，這是因為IBS是功能性的疾病，但一些胃腸道的腫瘤、炎癥等器質性的病變也會出現類似的癥狀，因此醫生需要排除這些器質性的疾病才能診斷IBS，特別是患者同時有便血、貧血、體重減輕、腹部包塊、結直腸癌家族史或年齡在40歲以上從未做過什么體檢的患者。醫生建議的檢查可能會因人而異，最常見的包括糞潛血試驗、血常規、血生化、血沉、C反應蛋白、腫瘤標志物檢查、甲狀腺功能檢查、腹部B超或CT檢查、結腸鏡或鋇灌腸檢查、小腸鏡或膠囊內鏡檢查等。

醫生診斷IBS主要根據患者的慢性病史，最近3個月內每個月至少有3天出現腹痛或腹部不適，且這種不適多可在排便后癥狀緩解。根據其是否有排便頻率改變（每日次數多或少）或大便性狀改變（大便干結、稀便等）分為不同類型，如便秘型、腹瀉型、混合型，根據不同類型，醫生用藥會不一樣。